El 15 de enero de 2018 fueron posesionados 30 de los 38 magistrados y al fiscal de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP), quienes fueron escogidos por un comité de tres funcionarios extranjeros y dos colombianos. 

Según el Gobierno los magistrados fueron seleccionados a través de un sistema público de convocatoria. Un Comité de Escogencia compuesto por delegados de la Comisión Permanente del Sistema Universitario del Estado, la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia, el Secretario General de Naciones Unidas, la Corte Europea de Derechos Humanos y del Centro Internacional de Justicia Transicional realizó la convocatoria y ejecutó el proceso para pasar de más de 2 mil inscritos a los 51 magistrados, principales y suplentes, finalmente designados.

Una de las primeras asignaciones al grupo de magistrados fue aplicar la Ley de amnistía, incluida en el Acuerdo de paz.